La Fête de la Musique est source de certaines nuisances sonores, et l’objet de nombreuses plaintes. Pour y répondre, des lieux de rassemblements ont été mieux délimités par les collectivités locales pour n’autoriser les expressions scéniques extérieures le soir que jusqu’à une heure raisonnable.
Toutefois, face à la volonté de certains établissements de monter des installations sonores de forte puissance pour attirer le public, les autorités ont réagi en limitant ou interdisant (selon les préfectures) de tels montages.
L’espace public non destiné initialement à l’expression scénique reste donc réservé aux artistes amateurs ou professionnels qui doivent utiliser des équipements de puissance limitée, et les établissements qui leur proposent une scène extérieure ne sont pas autorisés à « monter les décibels » pour la musique qu’ils diffusent à l’intérieur.
Quelle que soit l’heure, ils restent soumis à la législation contre les nuisances sonores, et notamment doivent veiller à respecter leur voisinage : ils ne bénéficient donc pas de la même tolérance donnée aux amateurs de musique, qui peuvent se produire en revanche plus librement à condition de limiter leurs amplificateurs.
Le contrôle des niveaux sonores à l’extérieur et l’intérieur reste en vigueur.
La Fête de la Musique est souvent critiquée en France par le fait que les autorités n’autorisent pas que les amateurs à se produire, mais aussi donnent de larges autorisations pour permettre aux commerces existants de rester ouvert au-delà des heures normales, notamment les restaurants et débits de boissons ou des épiceries, qui vendent de l’alcool (souvent de la bière) consommé par les spectateurs directement sur l’espace public et non à l’intérieur de leurs établissements : la Fête de la Musique a pu paraître certaines années dans quelques villes comme une vaste « Fête de la bière » française, où la musique n’avait plus son rôle central, terminée par des débordements violents et des dégradations, ce qui a pu faire fuir les années suivantes certaines catégories de spectateurs (voire aussi de musiciens qui préfèrent l’organisation mieux contrôlée des festivals et cafés-concerts) et a nui à la réputation de la fête voulue pour tous.
Des mesures de sécurité ont été prises localement pour éviter que cette vente d’alcool expose à certains dangers, notamment dans certaines villes l’interdiction de la vente en bouteille ou au verre (seuls les gobelets jetables non dangereux sont autorisés, y compris dès le début de soirée pour la vente en salle dans les établissements habituels). Les vendeurs itinérants d’alcool ne sont plus autorisés s’ils ne disposent pas d’une licence, et aussi car ils vendaient cet alcool souvent en canettes métalliques jugées aussi dangereuses que le verre.
D’autres nuisances proviennent de la fourniture par ces vendeurs itinérants de produits alimentaires à emporter dans des conditions sanitaire inadéquates (qui seraient interdites dans les restaurants) : cette vente n’est pas nécessairement illégale mais ne dispense pas des équipements de conservation ou d’hygiène adaptés, de gestion des déchets ou de protection du public (pare-feux, combustibles, fumées, etc.), ni des contrôles vétérinaires des produits vendus. Les associations critiquent aussi la gestion par les communes de la grande quantité de déchets et emballages (souvent difficilement recyclables) laissée dans l’espace public par cette manifestation.
Enfin, la vente d’alcool auprès d’une population souvent très jeune les expose à divers dangers, notamment en termes de santé publique (prévention de l’alcoolisme) et de sécurité routière et publique (prévention de la violence). Des associations se mobilisent pour organiser les transports et retours et inciter les jeunes à ne pas prendre le volant. À Paris comme dans certaines autres grandes villes, les transports publics (dont le métro) deviennent gratuits le soir et des services supplémentaires gratuits sont organisés en fin de soirée ou dans la nuit (c’est le cas aussi pour d’autres fêtes). La police et la gendarmerie effectuent de sévères contrôles d’alcoolémie autour des principaux lieux de rassemblements, mais aussi patrouillent sur les lieux mêmes pour prévenir ou limiter les débordements, bagarres et dégradations qui peuvent survenir à l’occasion de n’importe quel festivité publique ou rassemblement.
Tous ces risques et dispositifs légaux et de sécurité se retrouvent désormais dans n’importe quelle autre manifestation sur l’espace public, par exemple aussi la Fête nationale (le 14 juillet en France), ou d’autres manifestations identitaires à forte composante musicale (comme les Technoparades, et les Gay Prides et autres « marches » qui ont lieu aussi en juin à la même période, etc.), ou encore les grandes manifestations sportives (comme les différents tours de France ou d’autres pays européens) et commerciales (grandes braderies, fêtes foraines). Mais la Fête de la Musique, par son ampleur et le fait qu’elle attire un public jeune particulièrement exposé aux risques, nécessite la mise en œuvre de moyens bien plus importants que ceux utilisés habituellement pour ce type de manifestation,
ce qui nécessite la collaboration de l’ensemble des services de sécurité civile, publics ou privés, et du milieu associatif largement mobilisé ce soir-là, comme ils le resteront durant les nombreux festivals de l’été, dont la Fête de la Musique constitue souvent aujourd’hui le lancement. Cette manifestation permet ainsi de mesurer chaque année l’état de préparation des personnels impliqués le reste de l’année.
Enfin, certains pensent qu'une date fixe n'était pas souhaitable. En effet, lorsque le 21 juin tombe en semaine, beaucoup ne peuvent non seulement pas assister à la fête mais en plus se voient plus ou moins limités dans leur sommeil suivant la proximité des lieux de festivité. Certains émettent donc l'hypothèse qu'il aurait été plus judicieux de choisir par exemple le 1er samedi de l'été ou du mois de juillet.
